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DNA病毒/噬菌体全基因组测序案例
发表时间:2019-04-19     阅读次数:1119     字体:【

关键字:DNA病毒全基因组测序, 噬菌体全基因组测序


DNA病毒全基因组测序——案例1

样品:发病动物内脏

目标:腺病毒全基因组测序

项目简述:按样本准备指南提取核酸,核酸送至探普进行质量检查后启动建库测序,测序完成后生物信息学处理和拼接。

样本准备指南:探普生物公众号-病毒测序-样本处理

腺病毒全基因组测序项目是目前探普接到最多的DNA病毒测序项目,迄今已经完成多种型别的腺病毒的基因组测序,组装结果大部分达到99%以上。


DNA病毒全基因组测序——案例2

样品:从病人身上分离后在细胞培养的疱疹病毒

目标:疱疹病毒全基因组测序

项目简述:按样本准备指南提取核酸(超速离心纯化),核酸送至探普进行质量检查后启动建库测序,测序完成后生物信息学处理和拼接。

疱疹病毒全基因组测序项目最大的难度在于其基因组大而且结构复杂,因此一定要按照要求准备样品,根据探普经验,未按照要求提取的疱疹病毒大部分都拼接不够完整。


DNA噬菌体全基因组测序——案例3

样品:噬菌斑纯化的DNA噬菌体

目标:DNA噬菌体全基因组测序

项目简述:按样本准备指南提取核酸(超速离心纯化并核酸酶处理),核酸送至探普进行质量检查后启动建库测序,测序完成后生物信息学处理和拼接注释。

噬菌体全基因组测序项目一般来自环境分离的噬菌体样品,往往比对不到已知的基因组。而且基因组大小跨度非常大。所以,噬菌体一定要富集纯化且保证完整性。噬菌体测序目的不仅仅是基因组序列,一般还需要基因注释和功能预测。

 
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