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RNA病毒/噬菌体全基因组测序案例
发表时间:2019-04-19     阅读次数:1706     字体:【

关键字:RNA病毒测序, 病毒全基因组测序, RNA噬菌体全基因组测序


RNA病毒全基因组测序——案例1

样品:发病动物肠道

目标:冠状病毒全基因组测序

项目简述:按样本准备指南提取核酸,核酸送至探普进行质量检查后启动建库测序,测序完成后生物信息学处理和拼接。

样本准备指南:探普生物公众号-病毒测序-样本处理

冠状病毒基因组是最大的RNA病毒基因组。冠状病毒全基因组测序项目是目前探普接到最多的RNA病毒测序项目,迄今已经完成多种型别的冠状病毒的基因组测序,组装结果大部分达到99%以上。


RNA病毒全基因组测序——案例2

样品:禽组织的星状病毒

目标:星状病毒全基因组测序

项目简述:按样本准备指南提取核酸(超速离心纯化),核酸送至探普进行质量检查后启动建库测序,测序完成后生物信息学处理和拼接。

星状病毒基因组不大,只有7kb左右。按照要求提取的星状病毒RNA都可获得99%以上的全序列。


RNA噬菌体全基因组测序——案例3

样品:噬菌斑纯化的RNA噬菌体

目标:RNA噬菌体全基因组测序

项目简述:按样本准备指南提取核酸(超速离心纯化并核酸酶处理),核酸送至探普进行质量检查后启动建库测序,测序完成后生物信息学处理和拼接注释。

噬菌体全基因组测序项目一般来自环境分离的噬菌体样品,往往比对不到已知的基因组。而且基因组大小跨度非常大。所以,噬菌体一定要富集纯化且保证完整性。噬菌体测序目的不仅仅是基因组序列,一般还需要基因注释和功能预测。

 
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