关键字:噬菌体测序,DNA噬菌体全基因组测序,RNA噬菌体全基因组测序
DNA噬菌体全基因组测序——案例1
样品:噬菌斑纯化的DNA噬菌体
目标:DNA噬菌体全基因组测序
项目简述:污水中分离到嗜水气单胞菌噬菌体,按样本准备指南提取核酸(超速离心纯化并核酸酶处理),核酸送至探普进行质量检查后启动建库测序,测序完成后生物信息学处理和拼接注释,该噬菌体基因组大小55kb,数据库中无基因组相似的噬菌体。
RNA噬菌体全基因组测序——案例2
样品:噬菌斑纯化的RNA噬菌体
目标:RNA噬菌体全基因组测序
项目简述:黄河边污泥中分离到猕猴桃菌噬菌体,按样本准备指南提取核酸(超速离心纯化并核酸酶处理),核酸送至探普进行质量检查后启动建库测序,测序完成后生物信息学处理和拼接注释,该噬菌体基因组大小99kb,数据库中无基因组相似的噬菌体。
噬菌体全基因组测序项目一般来自环境分离的噬菌体样品,往往比对不到已知的基因组。而且基因组大小跨度非常大。所以,噬菌体一定要富集纯化且保证完整性。噬菌体测序目的不仅仅是基因组序列,一般还需要基因注释和功能预测。